O Conselho Diretivo da EPM exerce a responsabilidade última da instituição perante a entidade titular, os poderes públicos e a comunidade educativa e é o garante do funcionamento e gestão da escola, tendo em conta os objetivos, os princípios orientadores, o Projeto Educativo e o Regulamento Interno aprovados pela entidade titular. É constituído pelo Presidente da Escola Portuguesa do Mindelo – Cooperativa, pela Diretora da Escola e pelo Diretor Pedagógico.
É responsável pelas questões relacionadas com o processo de ensino e aprendizagem, pelas atividades curriculares e extracurriculares, pelos critérios de avaliação, por problemas disciplinares e pela formação docente. É constituído pelo Diretor Pedagógico e por coordenadores de ciclo e representantes dos pais por Ciclo de ensino.
Compete ao Conselho Geral pronunciar-se sobre o Projeto Educativo, o Regulamento Interno e o Plano Anual de Atividades e avaliar o seu grau de execução.
Cabe-lhe ainda dar parecer sobre outras matérias relevantes para a vida da escola. Tem um caráter eminentemente consultivo.
Este órgão é constituído pela Direção da Escola Portuguesa do MindeloCooperativa, pelo Conselho Diretivo, pelos representantes dos pais e encarregados de educação por ciclo de ensino, pelo representante dos docentes e pelo representante dos funcionários.
O Conselho Geral reúne-se pelo menos uma vez por ano ou sempre que convocado pela Escola Portuguesa do Mindelo-Cooperativa.